Quỳnh Đôi xưa là một vùng cây hoang, cỏ dại giáp sông Mai (gọi là sông Mõ), gần biển cửa Quèn là một trong ba cửa biển của huyện Quỳnh Lưu: Cửa Cờn (Càn), Cửa Quèn (Quyền), Cửa Thơi (Thai). Năm thứ II Xương Phù (1378) các Cụ: Hồ Hồng, Hồ Khai, Nguyễn Thạc và Cụ Hoàng Khánh cùng nhau đến đây khai cơ, lập ấp đặt tên là “ Thổ Đôi Trang ”. Cho tới năm 1528 Cụ Hồ Nhân Hy (Đời Mạc) đổi tên Thổ Đôi thành xã Quỳnh Đôi ngày nay.

Tính đến nay Quỳnh Đôi đã có 640 năm tuổi.